23 mars 05
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Le "SIITUB" se veut une référence pour présenter de façon succincte les méthodes expérimentales fréquemment utilisées en biochimie. Il ne s'agit pas de protocoles expérimentaux en tant que tels. Pour chacune des méthodes, on y présente les principes de base, les méthodes et les appareils, les principales applications à la biochimie, etc. Le SIITUB est en "construction permanente".
Des nouvelles sections seront ajoutées au fur et à mesure. Des corrections et des mise-à-jour seront apportées, si nécessaire, aux textes déjà affichés. La date de la dernière version est indiquée entre parenthèses à la suite de la description du contenu de chaque section. Une même section peut apparaitre dans plusieurs rubriques si cela est pertinent.
MÉTHODES DE LABORATOIRE DE BASE: SOLUTIONS ET TA
- pH et solutions tamponnées: préparation de solutions tamponnées, commentaires sur quelques produits tampons couramment utilisés (980504)
- Solutions physiologiques: utilisation et description de certaines solutions physiologiques, préparation, stérilisation (04 06 14)
MÉTHODES GENERALES
- Homogénéisation: méthodes et dispositifs d'homogénéisation des tissus et cellules (980127)
- Dialyse: principes, description, applications diverses, calculs de concentration (07 10 03)
- Lyophilisation: principes, appareillage, techniques de base (980716)
- Filtration et ultrafiltration: types de filtre, dispositifs de filtration, ultrafiltration, microconcentration, stérilisation à froid (950504)
- Détergents et dénaturation des protéines: divers types de détergents et d'agents chaotropiques (00 02 23)
DOSAGES
- Dosage d'enzymes: unités enzymatiques et de vitesse, techniques de mesure des activités et des vitesses, dérivation des paramètres cinétiques, etc.(00 01 07)
- Dosage des
protéines: principes, avantages et faiblesses
des principales méthodes de dosage des
protéines (980407)
CHROMATOGRAPHIE
- Filtration sur gel: principes, principaux gels, volume mort et calibrage de la colonne, dessalage, détermination de masse moléculaire, purification de protéines, colonnes, échantillons, élution (99 05 10)
- Chromatographie
d'affinité: principes, description des
principales étapes, exemples de chromatographie de
protéines et d'acides nucléiques
(98 05 05)
ÉLECTROPHORESE DES PROTEINES
- Électrophorèse: principes généraux de l'électrophorèse, brève présentation des types d'électrophorèse les plus courants (gel de polyacrylamide, agarose, acétate de cellulose, etc.) (03 02 00)
- Électrophorèse des protéines en gel d'acrylamide: principes, polymérisation, EGPA-SDS, estimation de la masse (12 05 03)
- Focalisation isoélectrique (FIE) et électrophorèse bidimensionnelle: principes de séparation des protéines selon le pI, création de gradients mobiles et immobilisés, électrophorèse bidimensionnelle (16 06 02)
- Buvardage (Transfert
électrophorétique de protéines -
transfert western): description générale
des méthodes de transfert
électrphorétique des protéines et
d'application directe des protéines, conditions de
transfert, immunodétection (27 02
04)
PROTÉINES et ENZYMES
- Précipitation des protéines: principes de base, précipitation avec des solvants, avec des acides, avec des sels, précipitation différentielle, importance dans la purification (04 03 03)
- Dosage des protéines: principes, avantages et faiblesses des principales méthodes de dosage des protéines et de détermination des paramètres cinétiques (000111)
- Purification des protéines: stratégies de purification, conservation et rangement, tableau de purification (04 02 04)
- Détergents et dénaturation des protéines: divers types de détergents et d'agents chaotropiques (00 02 23)
- Dosage d'enzymes: unités enzymatiques et de vitesse, techniques de mesure des activités et des vitesses, dérivation des paramètres cinétiques, etc.(24 02 04)
- Méthodes d'étude de la LDH: dosage, séparation des sous-unités, etc. (08 01 03)
- La concanavaline A: structure, propriétés, applications
CENTRIFUGATION
- Centrifugation: principes généraux, équations, centrifugeuses, rotors, calcul de vitesse...(26 02 04)
- Centrifugation en
gradient: gradients discontinus et continus,
préparation des gradients, rotors,
séparations zonales et
isopycniques...(27 02 04)
TECHNIQUES IMMUNOCHIMIQUES
- Préparation des anticorps: anticorps polyclonaux et monoclonaux, purification... (16 12 03)
- Immunodiffusion et immunoélectrophorèses: mécanisme de formation des lignes de précipitine, IDD, IES, IEC, IE de Laurell (06 12 03)
- Systèmes d'immunodétection: principes de l'emploi des anticorps dans le dosage ou la détection, anticorps primaires, secondaires, conjugués, systèmes avidine-biotine, traceurs (15 12 03)
- Techniques immunochimiques de détection qualitative: méthode de base, détection chromogénique et chémiluminescente (14 12 03)
- Techniques immunochimiques de dosage quantitatif: méthodes de base, eliza, RIA, modes et sytèmes de détection (16 12 03)
RADIO-ACTIVITÉ
- Radio-isotopes: caractéristiques, demi-vie, énergie, unités de mesure, sécurité, techniques et isotopes utilisés en biochimie, marquage métabolique (04 06 09)
- Comptage par scintillation en milieu liquide: principes, comosantes mécanismes, compteur à scintillation, masquage, chemiluminescence, scintillation de proximité (04 06 08)
- Autoradiographie et fluorographie: principes de fonctionnement, localisation des protéines dans un gel d'électrophorèse (04 07 02)
ÉTUDE DE DIVERS PHÉNOMÈNES
Section consacrée aux méthodologies et techniques reliées à certains sujets vus spécifiquement dans les cours BC4882 ou autres.
- Étude de la photosynthèse: systèmes expérimentaux (cellules entières, chloroplastes isolés), mesure de l'activité photosynthétique (manométrie, radio-isotopes, oxydants de Hill...). (00 02 01)
- Etude des membranes: systèmes expérimentaux. détergents. (23 02 00)
NOUVELLES APPROCHES EXPERIMENTALES
Section consacrée aux méthodologies et techniques novatrices développées récemment.
- Protéines chimériques: avec protéines fluorescentes (GFP) ou bioluminescentes (obéline), hélice à cystéine (990510)
- Nouvelles techniques et approches expérimentales diverses: moulage moléculaire, barbillons moléculaires (99 04 19)
- Nouvelles techniques d'analyse physique des protéines: techniques basées sur la microscopie de force atomique: spectroscopie de force moléculaire,.... (00 04 26)
- Protéomique:
BIBLIOGRAPHIE DES PRINIPALES SOURCES
D'INFORMATION
RF Boyer (1986) Modern experimental biochemistry, Addison-Wesley Publishing Co, Reading (Mass., USA).
RL Dryer, GF Lata (1989) Experimental Biochemistry, Oxford University Press, New York.
P Kamoun (1975) Appareils et méthodes en biochimie, Flammarion Médecine-Sciences, Paris.
M le Maire, R Chabaud, G Hervé (1990) Un modèle d'étude: l'aspartate transcarbamylase, Masson, Paris.
DT Plummer (1987) An Introduction to Practical Biochemistry (3° éd.) McGraw-Hill, London.
K Wilson, J Walker (1994) Principles and techniques of practical biochemistry (4e éd) Cambridge University Press. Oxford.
Didier Gauthier
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